Количество навыков, которыми должны были или могли обладать ниндзя, с трудом поддается точному подсчёту. Разница в условиях проживания и функционирования отдельных кланов, их традициях, а также индивидуальных физических данных и склонностях агентов приводила к тому, что каждый ниндзя развивался по персональной программе, позволявшей ему добиваться максимальных успехов с учётом его личных качеств. Однако это не исключало наличия и "общих" искусств, которыми должны были владеть все без исключения синоби — так, по крайней мере, утверждают наследники школ Такамацу-дэн, поясняя термин "ниндзя дзюхаккей", или "восемнадцать искусств ниндзя", вкупе с "восемнадцатью навыками воина" составлявшими основу подготовки агента-профессионала "нинпо сандзюроккэй" (тридцать шесть искусств нинпо).

По основной и более известной версии, связанной с организацией Будзинкан, этими самыми искусствами были:

1. Сэйсин-теки Кьёйо (духовное развитие),
2. Тайдзюцу (искусство тела, рукопашный бой),
3. Кэндзюцу (искусство меча),
4. Бодзюцу (бой шестом, палкой),
5. Содзюцу (владение копьем),
6. Нагинатадзюцу (владение нагинатой),
7. Кусаригамадзюцу (владение кусарикамой),
8. Сюрикэндзюцу (метание скрытых лезвий),
9. Каякудзюцу (применение пороха),
10. Хэнсодзюцу (искусство перевоплощения),
11. Синоби-ири (навыки проникновения),
12. Бадзюцу (верховая езда),
13. Суй-рэн (водные тренировки),
14. Боряку (стратегия и тактика боя),
15. Тёхо (шпионаж),
16. Интон-дзюцу (маскировка по пяти стихиям),
17. Тэн-мон (приметы и метеорология),
18. Ти-мон (практическая география).

В организации Гэнбукан, возглавляемой сокэ Танемурой Сёто, рассматривается несколько другой список, в целом схожий с уже приведенным, но отличный в некоторых конкретных областях.

1. Сэйсин-теки Кьёйо (духовное развитие),
2. Нинпо тайдзюцу (искусство тела ниндзя):
   • Хокодзюцу (ходьба),
   • Сэнкодзюцу (проникновение),
   • Хитёдзюцу (прыжки),
   • Тайхэндзюцу (техники перемещения),
   • Муто-дори (противостояние вооруженному противнику),
   • Косидзюцу (воздействие на нервные центры),
   • Копподзюцу (ломание костей),
   • Дзютайдзюцу (броски и захваты),
   • Дакэнтайдзюцу (ударные формы),
   • Хадзюцу но Хо (техники разрывания);
3. Кэнпо / Бикэндзюцу (сражение мечом):
   • Дайтодзюцу (сражение большим из двух мечей),
   • Татидзюцу (сражение тати),
   • Ниндзя-тохо (сражение мечом ниндзя),
   • Нитодзюцу (битва двумя мечами),
   • Кодатидзюцу (владение коротким мечом),
   • Тантодзюцу (владение танто),
   • Сагэо-дзюцу (применение шнура из оплетки меча);
4. Хэнсодзюцу (искусство перевоплощения),
5. Содзюцу (владение копьем):
   • Камаяри-дзюцу (владение копьем с серповидной насадкой);
6. Нагинатадзюцу (владение нагинатой):
   • Бисэнтодзюцу (владение бисэнто);
7. Бодзюцу (владение шестом):
   • Рокусякубодзюцу (бой длинным шестом),
   • Ханбодзюцу/Сансякубодзюцу (бой палкой около 90 см),
   • Дзёдзюцу/Ёнсякубодзюцу (бой палкой около 120 см),
   • Сикомидзёдзюцу (сражение шестом со скрытым оружием);
8. Кадзюцу (искусство применения огня):
   • Каякудзюцу (применение пороха),
   • Каки (использование огненных средств),
9. Кусаригамадзюцу (владение кусарикамой):
   • Кёкэцусёгэ-дзюцу (владение кёкэцу-сёгэ);
10. Сюрикэндзюцу (метание скрытых лезвий):
    • Бо-сюрикэн (бо-сюрикэны),
    • Ита-сюрикэн (плоские сюрикэны),
    • Сэмбан-нагэ (сэмбаны - квадраты со вдавленными сторонами),
    • Тэппан-нагэ (стальные пластины);
11. Кюдзюцу (стрельба из лука):
    • Бусядзюцу (навыки стрельбы),
    • Кисядзюцу (стрельба верхом);
12. Суйдзюцу (искусство воды):
    • Суйэй (плавание),
    • Суйрэн (водные тренировки),
    • Суйки (водные приспособления);
13. Онгёдзюцу (навыки исчезновения):
    • Тэнтон-дзюппо (десять небесных способов укрытия),
    • Читон / Омотэ Готонпо (десять земных способов укрытия / пять внешних),
    • Дзинтон / Ура Готонпо (десять человеческих способов укрытия / пять внутренних);
14. Какуси-букидзюцу (навыки владения скрытым оружием):
    • Сюко (когти на внутренней части кисти),
    • Какутэ (кольца),
    • Кусарифундо (цепи с грузом),
    • Фукия (духовое ружье),
    • Тэккэн (кастет),
    • Нэкодэ (когти на пальцах),
    • Макибиси (противопехотные шипы);
15. Нинки (инструменты ниндзя):
    • Синоби-рокугу (шесть постоянных предметов),
    • Токи (верхолазные приспособления),
    • Кайки (инструменты взлома);
16. Ниньякудзюцу (яды и пища),
17. Гунряку-хэйхо (стратегии):
    • Тикудзё (оборона и взятие замков),
    • Тёхо (шпионаж),
    • Иннин ("темная" разведка),
    • Йонин ("светлая" разведка);
18. Тэнмон / Тимон (метеорология и география).